‘Interpretatie genetische data nog niet up-to-date’

De genetische onderzoekstechnieken die schuilgaan achter de verzamelnaam next generation sequencing (NGS) hebben weliswaar een grote vlucht genomen, maar er zijn niettemin vragen bij de toepassing ervan. Dat signaleert de Gezondheidsraad in een advies dat deze week verscheen.

Deze technieken worden inmiddels dagelijks in de klinische genetica toegepast in zowel diagnostiek als wetenschappelijk onderzoek. Niet voor niets: ze maken het mogelijk snel en goedkoop het menselijk genoom of een deel daarvan in kaart te brengen. Maar, aldus de Gezondheidsraad, tegenover deze onmiskenbare pluspunten staat dat het maatschappelijk debat over de ‘verregaande ethische consequenties’ nog moet worden gevoerd en dat het ontbreekt aan voldoende genetische kennis bij professionals en publiek. Bovendien is de interpretatie van genetische data niet zonder problemen.

NGS-technieken kunnen op verschillende manieren worden gebruikt bij de diagnostiek
van genetisch bepaalde aandoeningen. Zo worden met behulp van zogeheten genenpanels de DNA-volgordes van genen bepaald die een belangrijke rol spelen bij bepaalde aandoeningen. Eigenlijk is dat niets anders dan de ‘klassieke’ genetische diagnostiek waar gen voor gen wordt gesequenst, alleen kunnen alle relevante genen nu in één keer worden onderzocht. De cardiogeneticapanels voor cardiomyopathieën zijn een goed voorbeeld.

Een tweede mogelijkheid is het sequensen van alle voor eiwitten coderende delen van het DNA, de exonen: whole exome sequencing (WES). WES wordt gebruikt als er een vermoeden bestaat van een genetische oorzaak van een aandoening, bijvoorbeeld een ernstige verstandelijke beperking, terwijl onbekend is in welk gen of welke genen het defect zit. Genen waarvan bekend is dat ze betrokken kunnen zijn bij verstandelijke beperking (het genenpanel) filter je eruit, waarna het overgebleven exoom kan worden bekeken op variaties in andere genen. 

Een derde optie is sequensen van het hele genoom, dat wil zeggen met alle coderende en niet-coderende delen: whole genome sequencing (WGS). Op dit moment vindt WGS vooral toepassing in wetenschappelijk onderzoek. Maar de verwachting is dat het op termijn efficiënter en goedkoper zal zijn van een patiënt het hele genoom te sequensen in plaats van alleen een genenpanel of het exoom. Volgens de Gezondheidsraad komt er ‘een generieke genoomtest’ waarbij de selectie en het lezen van genen gedaan wordt achter het computerscherm.

Realistische toekomstmuziek, ofschoon er nog wel wat te verbeteren valt. Aan de kwaliteit van de interpretatie van gensequenties bijvoorbeeld. Databases van genvarianten en hun pathogeniciteit zijn nog lang niet altijd up-to-date, wat momenteel nog kan leiden tot over- of onderschatting van de gevolgen van het hebben van een bepaalde genvariant. De Gezondheidsraad vindt daarom dat het delen van klinische informatie over genetische variaties (datasharing) hoge prioriteit verdient.

Ander punt van zorg: door ‘steeds breder’ sequensen – van genenpanels naar WES en WGS – zullen steeds meer genetische variaties aan het licht komen, waarvan op voorhand niet altijd duidelijk zal zijn wat ze betekenen. Ook nu al bestaat er geen eenstemmigheid over welke genen relevant zijn om te testen en over de frequentie waarmee genenpanels moeten worden bijgewerkt op basis van de laatste stand van wetenschap. De raad noemt congenitale blindheid als voorbeeld: jaarlijks worden meerdere nieuwe genen ontdekt die met deze aandoening verband houden, maar ze zijn nog lang niet allemaal opgenomen in de genenpanels.

De Gezondheidsraad waarschuwt verder voor overspannen verwachtingen: wie beweert dat de hielprik is te vervangen door NGS voor elke pasgeborene vergeet dat de meest voorkomende in de neonatale screening geteste aandoening congenitale hypothyreoïdie is. En die ziekte heeft meestal geen genetische oorzaak en kan dus niet met NGS geïdentificeerd worden, aldus de raad. ‘Het is daarom belangrijk ervoor te waken zich rijk te rekenen met genetische kennis.’

Henk Maassen

www.gezondheidsraad.nl

Lees ook:

• Prenatale diagnostiek vereenvoudigd
• 'Omgang met nevenbevindingen vergt richtlijnen'
• Wissels op het spoor