Reconstructie pandemie in Afrika legt gaten in variantenopsporing bloot

Het opsporen en volgen van SARS-CoV-2-virusvarianten in Afrika kent nog erg veel blinde vlekken. Dat schrijven Eduan Wilkinson en collega’s in Science aan de hand van een reconstructie van de pandemie in Afrika.

De reconstructie laat zien dat het virus aanvankelijk van elders naar Afrika werd geïmporteerd, vooral vanuit Europa (64%). Naarmate de pandemie vorderde, veranderde die trend en nam het aantal geëxporteerde varianten vanuit Afrika naar andere continenten juist toe. Opnieuw was er een duidelijke verbinding tussen Afrika en Europa, waar maar liefst 41 procent van de nieuwe varianten naartoe werd geëxporteerd. Tussen die geëxporteerde varianten zaten ook een variant of concern (VOC), B.1.351, en variants of interest (VOI), B.1.525, A.23.1 en C.1.1.

Dat juist in Afrika meerdere nieuwe en potentieel gevaarlijke varianten zijn geïdentificeerd, laat nog maar eens zien hoe belangrijk het is om vaart te zetten achter het vaccineren aldaar, schrijven de onderzoekers. Ook vinden ze dat een betere dekking van de variantensurveillance via whole genome sequencing hard nodig is. De dataset die ze voor dit onderzoek ter beschikking hadden, zat vol blinde vlekken en die vertragen het identificeren van VOC’s.

De onderzoekers beschikten over een dataset van bijna negenduizend genetische virusvarianten afkomstig van besmette personen uit 33 Afrikaanse landen en twee overzeese territoria. Bijna de helft van de genetische profielen kwam uit Zuid-Afrika. Ondanks veel ontbrekende data, konden de onderzoekers het ontstaan en de verspreiding van de bovengenoemde VOC en VOI’s redelijk gedetailleerd reconstrueren.